Institut Agama Islam (IAI) Ngawi merupakan alih status dari Sekolah Tinggi Agama Islam (STAI) Ngawi yang beralamatkan di Jalan Ir. Sukarno Ngawi. Sekolah Tinggi Agama Islam (STAI) Ngawi awal berdiri memiliki dua Prodi yaitu Kependidikan Islam (yang sekarang Manajemen Pendidikan Islam) dan Ahwal Al Ahsyahsiyah berdasarkan Surat Direktur Pendidikan Tinggi Agama Islam Departemen Agama RI Nomor : DJ. saya/303/2008. Setelah itu di tahun 2014 bertambah dua Prodi baru yaitu Pendidikan Guru Raudlatul Athfal (yang sekarang Pendidikan Islam Anak Usia Dini) dan Ekonomi Syariah.
Pada tahun 2016, Sekolah Tinggi Agama Islam Ngawi beralih status menjadi Institut Agama Islam Ngawi berdasarkan Surat Direktur Pendidikan Tinggi Agama Islam Departemen Agama RI Nomor : 608 Tahun 2016. Institut Agama Islam Ngawi memiliki 3 Fakultas yakni Tarbiyah, Syariah dan Ekonomi dan Bisnis Islam dengan tambahan 3 Prodi baru yakni Pendidikan Guru Madrasah Ibtidaiyah, Bimbingan Konseling Islam (yang sekarang Bimbingan dan Konseling Pendidikan Islam), dan Perbankan Syariah.
Tepatnya pada hari Sabtu tanggal 05 Maret 2016 diadakan Lounching IAI Ngawi yang dibarengkan dengan acara Studium Generale dengan tema "Modernisasi Islam Aswaja dan Bahaya Radikalisme" oleh Prof, Dr. H. Abdul Haris, M.Ag (Ketua LP Ma'arif NU Jatim) dan Drs. H. Saifullah Yusuf (Wakil Gubernur) yang juga didampingi Bupati Ngawi Ir. Budi Sulistyono yang bertempat di Pendopo Widya Graha Pemkab. Ngawi.
IAI Ngawi terus berupaya mengembangkan program pendidikan selain membuka program sarjana juga program pascasarjana. Tepatnya pada tanggal 05 Desember 2024 Program Pascasarjana IAI Ngawi turun Izin Penyelenggaraan Program Studi Magister (S2) Studi Islam berdasarkan Surat Keputusan Diktis Kemenag RI nomor: B-1439/DJ.I/Dt.I.III/HM.01/12/2024. Program Studi Magister Studi Islam Pascasarjana IAI Ngawi menyediakan tiga konsentrasi bidang keilmuan, yakni Hukum Islam, Pendidikan Islam, dan Ekonomi Islam. Dalam memberikan layanan yang prima Program Pascasarjana IAI Ngawi dikelola oleh Direktur, Kaprodi, Sekprodi serta dibantu Biro Keuangan, Biro Administrasi Akademik dan Kemahasiswaan.
